a. Virus
Virus adalah organism penyebab dan sumber penyakit yang sangat kecil, karena memiliki ukuran tubuh antara 20-300 nanometer, sehingga hanya dapat dlihat dengan menggunakan mikroskop electron. Struktur tubuh virus sangat sederhana hanya terdiri dari asam nukleat (RNA atau DNA) serta tidak mempunyai organ pencernaan.

Virus memperbanyak diri dengan dimulai dari masuknya sel virus ke dalam sel inang. Setelah virus menemukan sel inangnya, maka RNA/ DNA virus akan mengendalikan organ pencernaan dari sel inang untuk memproduksi asam nukleat sesuai dengan kebutuhan virus. Inang juga akan diperintah untuk membentuk protein baru yang mempunyai sifat khas untuk membunuh organisme lain, sebagian lagi digunakan sebagai bungkus pelindung asam nukleat virus yang disebut capsid. 
Bentuk dan bagian-bagian virus secara umum yang terdiri dari RNA atau DNA
Bentuk dan bagian-bagian virus secara umum

Bentuk capsid dari satu virus dengan yang lainnya bervariasi, biasanya virus-virus yang menyerang tubuh ikan adalah virus yang berbentuk peluru (rhabdo virus). Inveksi virus pada ikan dapat tersebar secara horizontal atau vertikal atau kedua-duanya.

Gejala umum penyakit yang disebabkan oleh virus adalah pendarahan (hemoragik) pada bagian organ (termasuk kulit), perut membesar, eksoftalmia, dan kulit pucat gelap pada bagian-bagian tetentu. Aktifitas serangan virus bersifat akut, menghasilkan kerusakan jaringan secara luas, dan menimbulkan kematian dalam waktu singkat.

b. Parasit
Parasit adalah hewan ataupun tumbuh-tumbuhan yang menempel pada inang (ikan) dan mengambil manfaat dari inang tersebut. Parasit memperoleh makanan dari inangnya tanpa ada kompensasi apapun. Parasit yang banyak dikenal meyerang berbagai ikan budidaya antara lain:

Protozoa
Protozoa merupakan hewan yang paling kecil, seluruh kegiatan hidupnya dilakukan oleh satu sel itu sendiri karena telah memiliki organ-organ sel sendiri antara lain berupa membram plasma, sitoplasma, dan mitokondria. Protozoa bisa bergerak aktif karena mempunyai alat gerak berupa flagela, silia, ataupun pseudopodia. 

Pada umumnya protozoa bersifat aerobik, mendapat makanan dari memangsa organisme lain, ataupun partikel organik dengan cara fagositosis maupun pinositosis. Protozoa banyak ditemui sebagai parasit pada ikan, akan tetapi antara parasit dan inangnya dapat hidup selaras tanpa menimbulkan gejala penyakit. Hanya protozoa dalam jumlah besar yang mampu menimbulkan penyakit pada ikan. Hal ini karena pengaruh faktor-faktor lingkungan seperti tingkat pH, NH3, suhu, dan salinitas. 

Beberapa jenis protozoa hanya menyerang organ internal dari ikan (ginjal, hati, usus). Pengamamatan langsung pada organ-organ tersebut sudah bisa dipakai untuk mendiagnosa ikan terserang protozoa.

Metazoa
Metazoa adalah hewan bersel banyak dengan berbagai struktur internal seperti saluran pencernaan, gonad, dan organ-organ pelekat/ pengait. Bentuk parasit ini tergantung pada tahapan dalam siklus hidupnya (dewasa atau larva). Semua jenis metazoa yang bersifat parasit berkembangbiak secara seksual, tetapi pembelahan vegetatif pada tahap larva banyak ditemukan pada berbagai spesies.

Metazoa mempunyai ciri adanya organ pada tubuhnya yang berfungsi untuk melekat ataupun menempel. Biasanya organ-organ ini merupakan penyebab masalah kesehatan pada ikan. Jika menempel pada ikan, metazoa akan merusak jaringan tubuh ikan (kulit dan daging) dengan cara mencengkeram dan merusak bagian organ luar ikan. Jaringan luar ikan yang rusak karena proses penempelan tersebut dapat menjadi pintu masuk bagi infeksi virus atau bakteri.

Dalam siklus hidupnya, metazoa membutuhkan satu atau lebih inang perantara. Sehingga pengetahuan ini sangat penting dalam menentukan cara pegobatan ikan atau pencegahan penyakit yang disebabkannya. Determinasi parasit ini dapat dilakukan melalui bentuk parasit, organ-organ yang terserang, saluran genitalia, telur, serta larvanya, yaitu sebagai berikut:

Monogenea
Banyak jenis monogenea yang hidup sebagai parasit pada ikan. Ciri monogenea adalah mempunyai struktur seperti jangkar pada ujung ekor dan dilengkapi pengikat pada tepinya. Kebanyakan monogenea hidup dan berkembangbiak sebagai ektoparasit pada ikan yang sama karena tidak mempunyai inang perantara. Ada dua spesies monogenea yang sering dijumpai menyerang ikan, yaitu Dactilogyrus yang menyerang organ insang dan Gyrodactylus

Digenea
Kebanyakan bersifar endoparasit jika hidup pada inang terakhir, sedangkan jika ikan merupakan inang perantaranya, maka burung adalah inang terakhirnya. Pada inang perantara digenea hidup sebagai larva (metaserkaria) dan sering dijumpai di dalam kulit, otot, dan lensa mata. Jenis penting dari Digenea yang hidup dalam pembuluh darah adalah Sanguinicola.

Cestoda
Lingua Intestinalis merupakan parasit penting yang dapat menimbulkan perut bengkak pada ikan Cyprinidae. Secara umum siklus perkembangbiakannya adalah sebagai berikut: telur dengan 8 pengait ataupun dengan korasidium (silia berenang), presekoid di dalam inang perantara I (terutama crustacean), inang perantara II, inang terakhir. Didalam inang perantara, tahap larva bisa ditemukan didalam rongga tubuh.

Nematoda
Jenis Crustacea dan Hirudinea (Lintah) termasuk dalam golongan nematoda banyak ditemukan sebagai endoparatis di dalam tubuh ikan. Crustacea yang hidup sebagai parasit pada ikan yaitu kopepoda (Lernea sp dan Ergasilus sp.), brankiura (Argulus sp), dan isopoda. Lernea sp mempunyai organ penempel yang masuk ke dalam jaringan inang. Hal ini menyebabkan terjadinya pembengkakan pada jaringan dan hyperemia yang dapat menjadi nekrosa yang sangat sensitive terhadap serangan pathogen sekunder berupa bakteri.

Argulus sp dapat hidup di rongga mulut, insang, di dalam otot dan kulit. Kerusakan jaringan-jaringan yang terserang argulus juga dapat mengakibatkan indeksi sekunder. Ciri-ciri ikan yang terserang argulus adalah adanya gatal yang menyebabkan ikan menggosok-gosokkan tubuhnya pada benda yang ada di dalam air.

Hirudinea (lintah) adalah parasit yang bersifat tidak tetap. Lintah mempunyai alat penghisap anterior dan berbentuk simetril bilateral. Lintah biasanya menghisap darahdalam jumlah yang banyak. Salah satu jenis lintah yang ditemukan menyerang ikan budidaya adalah Piscicola sp.

c. Bakteri
Bakteri adalah mikroorganisme dengan sruktur intraselular yang sederhana, yang mempunyai daerah penyebaran relatif luas, sehingga hampir dapat dijumpai dimana saja. UKuran bakteri berkisar antara 0.3 -0.5 mikron. Bakteri mempunyai ciri dapat tumbuh dalam sebuah koloni, berbentuk rantai atau benang, sel bakteri terdiri atas sebuah dinding sel, membram sitoplasma, dan sitoplasma.

Bakteri mampu membentuk spora dan dapat hidup dalam jangka waktu yang lama. Spesies bakteri memiliki kapsul yang mengeilingi dinding sel dan ada pula yang memiliki flagel.

Bakteri dapat dibedakan menjadi dua kelompok yaitu bakteri gram negatif dan bakteri gram positif. Hal ini berkaitan dengan reaksi sel bakteri terhadap pewarnaan gram. Bakteri gram negarif akan terlihat berwarna pink atau merah, sedangkan bakteri gram positif akan berwarna biru. Bakteri yang banyak menyerang ikan kebanyakan termasuk golongan bakteri gram negatif seperti, Flexibacter, Vibrio, dan Aeromonas.

Untuk menentukan penyabab penyakit, biasanya isolasi bakteri dilakukan terhadap ikan yang sehat dan yang terserang gejala penyakit (dari organ yang sama). Jika isolasi bakteri dari ikan yang sakit menunjukkan bakteri yang sama dalam jumlah besar, sedangkan ikan yang sehat tidak terlihat adanya bakteri yang mendominasi maka hampir dapat dipastikan bahwa penyebab penyakit telah diketemukan. 

d. Fungi/ Jamur
Fungi/ Jamur tidak bisa dibedakan antara daun, batang, dan akar. Pada budidaya ikan penyakit yang disebabkan oleh jamur biasanya mudah dikenali karena mempunyai morfologi dan organ sasaran yang khusus. Ada 4 spesies jamur yang penting dan sering dijumpai menjadi sumber penyakit pada ikan yaitu Ichthyophonus sp, Branchyomycetes sp, Saprolegnia sp, dan Achlya sp.

Saprolegnia sp dan Achlya sp merupakan jamur yang menginfeksi kulit, dengan ciri-ciri seperti kapsul bercabang yang dikelilingi oleh kapas. Saprolegnia sp dikenal juga sebagai water molds yang dapat menyerang kulit ikan dan telur ikan. Jamur ini pada umum dijumpai pada air tawar maupun air payau dan dapat tumbuh pada selang suhu 0 – 35 °C, dengan pertumbuhan optimal sekitar 15 – 30 °C. 

Pada umumnya, Saprolegnia sp menyerang bagian kulit ikan yang terluka, dan dapat menyebar pada jaringan sehat lainnya. Serangan Saprolegnia sp biasanya berkaitan dengan kondisi kualitas air yang buruk, seperti kadar oksigen yang rendah, ammonia yang tinggi, dan kadar bahan organik yang tinggi. Kehadiran Saproglegnia sp sering disertai dengan kahadiran infeksi bakteri Columnaris, dan parasit eksternal yang lainnya.

Ichthyophonus sp hampir ditemukan pada setiap ikan yang hidup di alam bebas. Pemeriksaan terhadap organ dalam ikan hampir semua terinfeksi oleh Ichthyophanus dengan intensitas yang bervariasi. Infeksi Ichthyophanus sp pada ikan dapat diidentifikasi menjadi fase aktif dan fase pasif. Fase aktif infeksi pada ikan biasanya disertai dengan penampilan ramping dan langsing pada tubuh ikan, penurunan drastis terjadi pada lemak usus , kekurusan otot somatik , dan pembengkakan organ viscera. Tanda makroskopik yang paling khas dari ichthyophonosis adalah terjadinya nodul putih krem pada jantung . Infeksi ini menyebabkan peradangan granulomatosa sistemik kronis.